BWT 与 FM-index:从 bzip2 到基因组比对
BWT 只是可逆排列,LF 映射让它能还原文本、用 rank 查询计数子串。本文用对拍过的 C 实现推演逆变换、backward search 与采样 SA 定位,并对照 bzip2 1.0.8、BWA 0.7.18 源码说明工程取舍。
Linux 内核、存储与网络、可观测性、系统架构与大模型基础设施的工程笔记:机制拆解、踩坑复盘与可核对证据,少空谈。
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BWT 只是可逆排列,LF 映射让它能还原文本、用 rank 查询计数子串。本文用对拍过的 C 实现推演逆变换、backward search 与采样 SA 定位,并对照 bzip2 1.0.8、BWA 0.7.18 源码说明工程取舍。